In de tweede helft van de zeventiende eeuw bevond het archief van de Sint-Janskerk zich ten huizen van syndicus Andries André. Toen deze in 1678 gestorven was, overhandigde zijn weduwe het archief aan de kerkmeesters of “laten”. Een inventaris werd toen opgemaakt. Deze vermeldt 21 nummers of letters. Sommige pakken bevatten tot achttien rekeningen.
De inventaris uit 1678 maakt melding van tien originelen op perkament, de liggers van 1516 en 1570, het obituarium, meer dan zesenveertig rekeningen, een bundel over de torenbouw en een pakje rekenplichtige stukken. Komen er niet op voor : de ligger van 1416, de restantenboeken van 1573 en 1577, de overige oorkonden, de stukken over goederen en renten en de procesbundels. Van de rekeningen wordt bovendien zelden het jaartal opgegeven, zodat we hier helemaal in het duister tasten.
De losse stukken vormden in de achttiende eeuw echter al een zekere hoeveelheid. De kerkmeester Leonard-Joseph de Fastré, die nog andere repertoria heeft gemaakt, inventariseerde in 1775 deze stukken. In de “compe” vond hij vijfenveertig “besigelde brieven”, vijf bescheiden die hij in een “couvert” plaatste, elf clausules uit testamenten en honderdnegenentwintig papieren stukken betreffende de goederen en renten van de Sint-Janskerk. Hij beschreef al deze documenten bondig.
Leonard-Joseph de Fastré heeft klaarblijkelijk ook een inventaris van de registers gemaakt, maar dit stuk werd niet teruggevonden. Hij heeft in ieder geval de meeste registers terug laten inbinden. De losse rekeningen deed hij per vier tot acht in perkamenten banden samenbinden. De dubbels van de rekeningen bleven echter onaangeroerd. Op de ruggen van de nieuwe banden schreef hij in drukletters de begin- en einddata.
Op 5 maart 1805 werden de goederen en inkomsten van de Sint-Janskerk, die onder de Revolutie tot vergaderplaats van de municipaliteit en tot voedermagazijn gediend had en sindsdien tot hulpkerk herleid was, aan de fabriek van de OLV-kerk overgemaakt. Kennelijk verhuisde toen ook het archief naar de hoofdkerk.
Het bleef daar berusten tot de Sint-Janskerk opnieuw een zelfstandige parochiekerk, met een eigen fabriek, zou worden. Hoewel dit in 1837 gebeurde, werd het archief pas in 1844 overgedragen. Er was immers een proces ontstaan tussen beide kerkfabrieken en de uitspraak werd eerst afgewacht.
In 1844 stelde Peter Michiels, ontvanger van de kerkfabriek van OLV, een inventaris van de registers en de in pakjes gebonden stukken op. Meneer Delvoie tekende op 8 februari 1844 voor ontvangst namens de kerkfabriek van Sint-Jan.
Het fonds werd vervolgens in de Sint-Janskerk geplaatst, in een eikenhouten kast met drie sloten, die in een kamertje naast het oksaal stond. Daar werden de registers en stukken in 1909 andermaal door EH Jan Paquay geïnventariseerd.
In 1953 werden ze, met dank aan de bemiddeling door deken Van de Weerd, door de kerkfabriek op het stadsarchief gedeponeerd.

De inventaris die werd opgesteld door wijlen stadsarchivaris Henry Baillien in 1964 werd met enkele aanwinsten uitgebreid waaronder een zestiende-eeuwse ligger.