De eerste Sint-Gertrudiskerk, waarvan de wijsteen nog bestaat, werd gebouwd in de 11de eeuw en was een kwartkapel van de Onze-Lieve-Vrouwekerk van Tongeren. In een charter van 1205 is er sprake van de rectors van ‘’Offelken, Wydoy, Pyringhes, Hanes, Reepis en Rixinghs’, die allen door het Onze-Lieve-Vrouwekapittel van Tongeren werden aangesteld, dat ook de meeste tienden inde. De rector van Riksingen mocht zelf geen kinderen dopen, ook niet het H. Oliesel toedienen aan de stervenden en zelfs geen huwelijken inzegenen in zijn kerk. Dit alles bleef voorbehouden aan de plebaan of pastoor van de moederkerk in Tongeren en dit tot aan de Franse revolutie.
De wijsteen van de eerste kerk of kapel met daarop het jaartal 1036 vond men terug in het voetstuk van een altaar bij de afbraak in 1856 van de vroeggotische kerk uit de 14de eeuw. De steen werd een tijdlang bewaard in het museum van het Geschiedkundig Genootschap in de Predikherenstraat te Tongeren, maar later weer overgebracht naar Riksingen, waar hij in een binnenmuur van de toren werd ingemetseld. Deze toren, het enige overblijfsel van de vroeggotische kerk uit de 14de eeuw, werd opgetrokken uit silexblokken en herbruikt materiaal van Romeinse gebouwen, o.m. van de Romeinse muren van Tongeren. Het rechthoekige schip werd in 1856 verbouwd en in 1948 vergroot met een moderne dwarsbeuk en een nieuw koor volgens plannen van architect Pierre Ulrix van Tongeren.
Pas in 1839 was Riksingen een zelfstandige parochie geworden. Tot dan werd de kerk bediend door de pastoor van Henis. Tijdens de 19de eeuw was er zelfs lange tijd een gemeenschappelijke gemeenteschool voor de twee dorpen.