De Sint-Hubertusparochie bestond zeker reeds in de 12de eeuw en was een filiaal van de Onze-Lieve-Vrouweparochie van Tongeren, waar dan ook alle kinderen van Henis moesten gedoopt worden. Het kapittel van Tongeren bezat niet enkel het patronaats- of begevingsrecht van de kerk van Henis maar ook alle tienden. De kerk van Henis was een kwartkapel en werd bediend door een rector, die meestal in de stad verbleef.

De oude vroeg-gotische kerk werd in 1856 afgebroken en tijdens de volgende jaren vervangen door het huidige kerkgebouw in neoromaanse stijl. Deze kerk werd gebouwd tegen de overeind gebleve westertoren uit de 13de eeuw, opgetrokken uit zandsteenblokken. Deze kerktoren zou dienst gedaan hebben als uitkijktoren of wachtpost van de vrijheid.