Reeds in de Romeinse tijd was Koninksem, gelegen nabij de heerbaan Keulen-Bavai, intens bewoond, zoals blijkt uit de vele voorwerpen die er werden opgegraven, de sporen van een villa of landbouwuitbating en twee tumuli of grafheuvels. Ze werden in 1851 afgestaan aan de Belgische staat tegen een rijkstoelage voor de bouw van de huidige kerk en een gemeenteschool. Kort voordien had de gemeente de kleine tumulus rechts van de Romeinse Kassei laten afgraven en met de grond een weg opgehoogd.
Koninksem was één van de elf banken of dorpen van het Sint-Servaaskapittel in Maastricht, dat rechtstreeks afhing van het Duitse keizerrijk. Sommigen beweren dat de naam is afgeleid van “heim” of huis van een Frankische koning of dat het alleszins een “mansus regalis” of koninklijke hoeve is geweest. Het is een nogal simplistische verklaring als we weten dat in de lijst van de bezittingen van Sint-Servaas uit 1139, een pauselijke bulle van Innocentius II, de naam als “Conongesheijm” werd geschreven. In een akkoord, gesloten in 1255 tussen het kapittel van Tongeren en dit van Burtscheid of Borcette over de tienden van Rutten, heeft men het over “Chomnesheijm”. In die tijd verschijnt ook de vorm “Conissem” of het nog in de volkstaal gebruikte “Cunissem” of kortweg “Cunssem”.

Heer van het dorp was de rijproost, een kanunnik van het Sint-Servaaskapittel van Maastricht. Zeker reeds in de 14de eeuw benoemde hij jaarlijks de twee burgemeesters, de zes raadsmannen, een veldbode en de “scatheffer”, die instond voor het innen van de belastingen. Vanaf 1725 was er echter maar één burgemeester meer. De schepenen vergaderden in de ”dingbank” tegenover de kerk. Driemaal per jaar riep de meier of schout alle inwoners samen voor een jaargeding. Hier werd het gemeentereglement voorgelezen, de geschillen beslecht en de verkiezingen gehouden. Het kapittel van Maastricht bezat in Koninksem ook een banale molen, waar de inwoners hun graan moesten laten malen. De kanunniken hadden hem in erfpacht afgestaan aan jonker Walter van Betho. Wellicht bij gebrek aan voldoende water kreeg zijn zoon in 1367 toelating hem volledig af te breken en weer op te bouwen op de Jeker in Wijk onder Tongeren. De mensen van Koninksem bleven wel verplicht hun graan te laten malen in de nieuwe en nog bestaande Wijkmolen.
Het dorp werd in 1672 ernstig verwoest en geplunderd door de soldaten van het leger van Lodewijk XIV, die er toen in de streek kampeerden. Ook in 1678 had het dorp veel te verduren, maar dan vooral omwille van opeisingen allerhande en inkwartieringen van soldaten. Vooral de kerk, die lag tussen de huidige kerk en de Jeker, had in 1672 veel schade opgelopen, zoals blijkt uit de herstellingen die kort nadien door het kapittel van Tongeren werden uitgevoerd. Het koor, het schip, de zijbeuken en de toren werden hersteld. Tussen 1763 en 1765 gebeurde dit ook met het dak. In 1781 was het met de toren zo ernstig gesteld dat de kerk diende gesloten te worden voor de eredienst. De Tongerse geschiedschrijver Charles Thys schreef in 1881 dat het een massieve, vierkante romaanse toren was, met een zeer oude basis uit zandsteen en zeer dunne lagen baksteen, verbonden door een dikke laag mortel, vermengd met stukken dakpannen.
Het dorp werd in 1795, na de inlijving van het prinsbisdom Luik bij Frankrijk, opgenomen in de municipaliteit van Tongeren, maar werd in 1800 toch weer een zelfstandige gemeente. In 1797 legden de rector, de municipale agent en zijn adjunct allen de eed van haat af tegen het koningschap. Koninksem stuurde in 1799 ook vier ruiters, versierd met de republikeinse kleuren blauw, wit en rood, naar Tongeren om er deel te nemen aan het feest van de volkssouvereiniteit. De gemeente verzette zich wel tegen de levering van de kerkklokken aan de Franse bezetter, maar kon toch niet beletten dat ze met de hulp van een “colonne mobile” van de Franse “gendarmerie” op 22 februari 1799 uit de toren werden gehaald en naar Maastricht gevoerd.