De prior van het Sint-Jacobusgasthuis bewaarde het archief van zijn instelling in een ijzeren koffer met twee sleutels en een hangslot. Deze koffer is nog steeds bewaard.
Prior van Elsrack nummerde in 1553 de losse stukken, zowel de originelen op perkament als de papieren bescheiden. Hiervoor gebruikte hij eerst de kleine letters van het alfabet, vervolgens de hoofdletters en daarna Romeinse cijfers. Hij legde ook een inventaris van deze stukken aan.
In 1639 werd nog een inventaris gemaakt waarbij éénenzestig genummerde stukken en vijf registers werden geteld : het manuaal van prior Schoendorps uit 1616 (nummer 70), het manuaal van moeder Jacoba de Duyts van 1625 (verloren voor 1802), het pachtboek van prior Herman Reys uit 1571 (verloren voor 1802), het pachtboek van 1627 (nummer 46) en de ligger van 1549 (nummer 42).
Tussen 1722 en 1725 bemoeide de prior Jan van Muysen zich met het archief. Hij doorlas de losse stukken en schreef aantekeningen op de rugzijde, groepeerde ze tot liassen en nummerde deze. De registers onderzocht hij eveneens en hun toestand van bewaring ontstemde hem soms : “het chagrineert mij dat ick sien dese blaederen soo scandaleuselijck hier en in andere boeken uytgesceurt te sijn”. Of hij ook een inventaris maakte is niet geweten (inventaris nr. 43).
Nadat de kloostergemeenschap die het gasthuis bediende in 1797 werd ontbonden en de instelling aan het beheer van de Godshuizencommissie toevertrouwd was, werd ex-prior Lodewijk-Hubert Janssen door die commissie gemaand het archief in te leveren.
Hij reageerde hier echter niet op en toen de commissie in 1800 door de prefect gelast werd met de verdeling van de goederen van de hospitaalstichting en de kloostergemeenschap, deed ze beroep op “citoyenne Lemmens, ex-religieuse” om binnen de twee dagen in het bezit te worden gesteld van het archief. Ook dit verzoek bleef zonder resultaat.
Op 1 prairial X (21 mei 1802) schreef Jan-Willem Looser als administrator van de commissie ex-prior Janssen aan om onder andere het stipaalboek van prior Andries Driesen uit 1670 terug te krijgen. De ex-prior meende er zich met een excuus van af te redden. Zijn voorganger zou de documenten bij de komst van het Franse leger over de Rijn hebben meegenomen waar alles verbrand was bij het bombardement van Dusseldorf.
Nu moeide echter maire van der Meer zich met de zaak en op 2 prairial X schreef deze aan de ex-prior dat de zusters bij hun terugkeer naar Tongeren alle registers en archieven hadden teruggebracht en dat meerdere personen dit konden bevestigen.
Uiteindelijk gaf de ex-prior zich enkele maanden later gewonnen. Hij maakte alle archieven, inclusief een inventaris door hem opgesteld, over aan de Godshuizencommissie.
In 1912 publiceerde EH Jan Paquay een inventaris van het Sint-Jacobusgasthuis. Deze vermeldt de perkamenten en registers in chronologische orden, maar vermeldt geen losse stukken.
Deze bleken in 1912 trouwens onvindbaar te zijn. Pas in 1926 ontdekte moeder-overste ze op de zolders van het hospitaal. Ze waren in kisten opgeborgen, samen met enkele registers. Deze vondst betrof zowel het gasthuis als het begijnhof.
Wijlen Gilbert Remans publiceerde dan in 1930 een bijvoegsel op de inventaris van Paquay. Dit bijvoegsel vermeldt een reeks registers die deze laatste niet had gezien alsook de volledige lijst van de ontdekte stukken. De losse stukken vermeldt hij echter enkel globaal in de inleiding terwijl deze stukken nochtans de helft van een grote bibliotheekkast in beslag namen.
Tussen 1802 en 1912 was slechts één register verloren gegaan, een goederenopgave van 1724-1725.
Tussen 1912 en 1953 gingen vier nummers verloren. De inkomsten van 1551 en 1566, processtukken uit 1744 en inkomsten van prior de Harzé uit 1752.

In de inventaris werden enkel de negen originelen op perkament van na 1619 opgenomen. De oudere (163 nummers), voornamelijk uit de veertiende en vijftiende eeuw, werden opgenomen in een aparte inventaris.
De inventaris opgesteld door Henry Baillien in 1964 werd aangevuld met een tiental stukken.